El cuerpo sin vida del hombre que investigaba el papel del Gobierno de Cristina Fernández de Kirchner en el presunto encubrimiento del atentado a la sede de la AMIA en 1994 fue hallado por su madre Sara Garfinkel, en la noche del 18 de enero de 2015 en el baño del departamento  donde vivía el fiscal, unas horas después de que se produjera su fallecimiento.

La muerte de Nisman se dio apenas 24 horas de la presentación que tenía prevista ante el Congreso nacional para fundamentar su denuncia contra la ex presidenta Cristina Kirchner, su canciller Héctor Timerman y otros funcionarios del kirchnerismo por haber promovido una trama de supuesto encubrimiento a los acusados iraníes de perpetrar el atentando contra la mutual judía mediante la firma de un tratado de Entendimiento con la República Islámica de Irán.

La denuncia se basaba en un supuesto pacto secreto con Irán que habría incluido, además de un intercambio comercial de granos argentinos por petróleo, el pedido del Gobierno argentino a Interpol para que cesara las alertas rojas contra los acusados iraníes, y así garantizar su impunidad.

Sólo 24 horas antes de su deceso, el sábado 17 de enero de 2015, Nisman recibió 40 llamadas telefónicas de las entonces diputadas nacionales del PRO Patricia Bullrich y Laura Alonso, que son lasque habían cursado la invitación al fiscal al Congreso para que profundizara el contenido de su denuncia. Según determinó la investiación, esa misma tarde, el fiscal Nisman recibió de manos de su colaborador informático, Diego Lagomarsino, con quien compartía una cuenta bancaria en Estados Unidos, la pistola con la que se efectuó el disparo mortal en la cabeza. El colaborador del fallecido funcionario judicial explicó en todo momento que Nisman no confiaba en su custodia de seguridad y que por eso le había pedido el arma.

A partir del momento del hallazgo del cadáver, que generó movimientos sísmicos en la opinión pública, se abrieron varias hipótesis, que se resumieron básicamente en la teoría del suicidio (ya sea voluntario o inducido) y la del asesinato político, sostenido entre otros por la ex mujer Sandra Arroyo Salgado.

Inicialmente el hecho fue investigado como "muerte dudosa", aunque la fiscal Viviana Fein informó que el disparo había sido efectuado "a una distancia no mayor a un centímetro", lo cual la acercaba a la pista del suicidio.

El 20 de mayo del 2016 se realizó una pericia por parte del Cuerpo Médico Forense y la Policía Federal que concluyó que "ninguna de las observaciones contenidas en los aspectos médico-legales del informe técnico elaborado por la querella, en forma individual o en conjunto, indican con certeza pericial médico legal que se haya tratado de un hecho homicida".  A su vez, dictaminó que "en su muerte no habían participado terceras personas", pese a que en las manos del cuerpo sin vida de Nisman no habían encontrado restos de pólvora.

El 27 de diciembre del año pasado, tras el cambio de Gobierno, la ministra de Seguridad, Sabina Frederic, anunció su intención de revisar el peritaje realizado por la Gendarmería Nacional que concluyó que Nisman fue asesinado.

Según los últimos avances de la causa, el 14 de enero, el juez federal Marcelo Martínez de Giorgi ordenó el embargo de los bienes de la familia del fallecido fiscal de la causa AMIA y de su asesor Lagomarsino.

La medida fue dictada por el magistrado en diciembre pasado, luego de que la Cámara Federal le ordenara acelerar el curso de la investigación sobre la causa de lavado de dinero que se abrió poco después de que Nisman fuera hallado muerto en su departamento de Puerto Madero, el 18 de enero de 2015.

Un mes después de la muerte del fiscal, se conoció que tenía una cuenta bancaria no declarada en los Estados Unidos con 600 mil dólares y su ex pareja, la jueza federal Sandra Arroyo Salgado, le acercó a la Justicia la información que dio lugar al inicio de la causa por lavado de dinero. En ese marco, Martínez de Giorgi ordenó el embargo de la totalidad de los bienes muebles e inmuebles de la madre de Nisman, Sara Garfunkel; la hermana, Sandra Ruth Nisman; y de Lagomarsino, el único procesado como partícipe necesario del presunto homicidio del fiscal, por haber sido quien le entregó el arma de la que salió el disparo mortal.